海南港航控股有限公司于2005年1月24日正式挂牌成立，其组建是基于对海口港集团公司和海南省海运总公司的国有资本权益及马村港岸线资源进行的三港重组。公司设有完整的组织机构，包括股东会、董事会、监事会、经营层，以及13个职能部门和18家二级公司。公司业务范围广泛，涵盖了港口装卸、仓储、水上客货运输、集装箱运输、外轮理货、船舶修理、商业贸易、旅游、房地产开发、物业管理等领域。目前，公司拥有员工3803人，资产总额约89亿元。

公司拥有秀英港区、马村港区、新海港区和洋浦港区。其中，海口新港因海口市*实施城市化改造，所有码头生产业务均已停止，不再列入公司生产港区。秀英港区，俗称海口港，自宋、元时期起就是琼雷渡海埠头及货物集散地，享有“琼州门户”的美誉。1950年9月起由交通部广州港务局海口分局管理。海口港作为海南省的交通枢纽及客货集散中心，被交通部定位为全国沿海主要港口及海南省国际集装箱干线港口，属于国家一类开放口岸。

马村港区已通过国家验收，并于2005年6月1日正式对外开放，计划建设成为中心港区。新海港区是专业轮渡港区，主要负责秀英港客滚码头的搬迁。洋浦港区则是通过港口资源整合，与海南省洋浦开发建设控股有限公司合资经营的港区。

公司及其前身已先后开通海口至广州、蛇口、湛江、海安、北海等地的客船及客滚船航线，目前海口至海安、北海航线正常运营。此外，公司还设有海口经香港中转至世界各地的国际班轮集装箱航线，并开通了海口至越南胡志明市、海口至印尼的直达国际航线。国内集装箱航线方面，公司提供海口至全国沿海各港口的近30条班轮航线。