海南海峡航运股份有限公司成立于2002年12月6日，由海南港航控股有限公司、深圳市盐田港股份有限公司等5位股东发起设立。2009年12月16日公司股票在深圳证券易所挂牌上市，公司总股本4.26亿股。海南港航控股有限公司是公司控股股东，所持股票数量为216,814,401股，占总股比的50.91%。

海峡股份公司下设9个职能部门和2个船队，下属2个全资子公司和一个分公司。公司控股泉州中远金欣海运有限公司（51%股比）并参股海南海汽运输集团股份有限公司（5%股比）。目前公司拥有员工1106人；总资产近19.58亿元。

公司拥有在营运18艘客滚船，总车位736个，总客位15488个，总吨位156633。这些船只分别投入海口至海安、广州（暂停）、北海三条客滚运输航线的运营。公司于2013年4月28日正式开通海口至西沙旅游航线。